Med izviri pod Praponekom in na območju Velikega Vreja ter drľavno mejo z Madľarsko je Mala Krka s pritoki ohranjena v preteľno naravnem stanju, z ohranjenimi hidroloąkimi in hidromorfoloąkimi značilnostmi. Ob razgibanem toku je razvita bogata, raznolika obreľna zarast. Mala Krka je del obseľnega habitata vidre Lutra lutra.